破坏人体营养
转基因食品中含有的主要的营养成分、微量营养素以及抗营养因子任意一种的细小变化，都可能降低食物的营养价值，甚至导致食物的营养结构失衡。
含有毒素
转基因食物在进行人工的提炼、添加等等手段之后可能导致某些微量毒素的积聚，而这些毒素很有可能导致人类食用之后出现慢性中毒甚至是畸形、致癌等等后果。
出现过敏反应
转基因食品的过敏问题是很严重的，因为转基因技术可能会让一种食物的基因进入到很多种食物中，而对一种食物过敏的人就很容易对其他含有这种过敏食物的其他食物产生过敏反应。
出现胃肠道问题
转基因食品很有可能导致胃肠道的问题，因为原本加入到转基因食品中的基因会在我们食用转基因食品之后转移到我们的肠道的细菌DNA里面去，这样，我们的肠道就变成转基因食品中基因的另外一个寄生地，很容易引发人体的胃肠道问题。
