蛰伤口腔
蜂巢蜜的有的蜂巢上会带有蜜蜂的尾针，这种尾针很细小，一般看不到，也很难清除掉，在直接嚼食时有被蛰的可能，蜜蜂尾针上带有蜂毒，被蛰会引起口腔肿痛、溃疡。
肥胖
蜂巢蜜中含有很多的糖分，包括葡萄糖、果糖等，都属于比较容易被消化吸收的短链糖，在食用之后会很快的升高血糖，若是大量食用蜂巢蜜就会导致能量过多，不能被完全的消耗掉，会转化为脂肪囤积在体内，引起肥胖。
胃酸
蜂巢蜜对胃刺激比较难强，在食用之后会刺激胃腺大量的分泌胃酸，尤其是蜂蜜多以空腹食用为主，胃酸分泌会更多，对胃肠的刺激损伤严重，尤其是自身就有胃酸、胃溃疡等胃病的人会明显加重症状。
重金属摄入过多
蜂巢蜜和纯蜂蜜不同，蜂巢蜜中带有蜂巢，蜂巢是蜜蜂采集环境中的植物皮屑、胶质配以自身分泌的唾液制作而成，很多蜂巢中都含有很高的重金属，食用过多有引起重金属中毒的可能。
